Wiesci

NMD (nonsense-mediated mRNA decay) to proces niszczenia transkryptów zawierających przedwczesny kodon STOP. Selekcja mRNA, które zostaną zniszczone, jest związana ze splicingiem albo z terminacją translacji (Amrani 2006). To, czy kodon STOP zostanie uznany za prawidłowy, czy też za nieprawidłowy, zależy od kontekstu. Sekwencja położona za kończącym sekwencję kodującą prawidłowym kodonem STOP to tzw. 3′UTR (obszar nieulegający translacji). Na jego obszarze znajdują się różne sekwencje sygnałowe, do których mogą się wiązać białka. Długość tej sekwencji i związane z nią białka odgrywają rolę w określeniu, czy transkrypt zawiera prawidłowy, czy też przedwczesny kodon STOP. Wycięcie prawdziwej sekwencji kodującej za nieprawidłowym kodonem STOP może spowodować, że komórka uzna go za kodon prawidłowy, a sztuczne przedłużenie 3′UTR może spowodować, że prawidłowy kodon STOP zostanie rozpoznany jako przedwczesny. Rozpoznawanie przedwczesnych kodonów STOP ma też związek z wycinaniem intronów. U ssaków STOP jest rozpoznawany jako przedwczesny, kiedy poniżej (czyli w kierunku 3′) związane są białka tworzące kompleks EJC (exon-junction complex). EJC wiąże się do mRNA na granicy egzon-intron podczas splicingu i tam już zostaje. Białka te mogą pomagać przy rekrutacji rybosomów, jeśli znajdują się na obszarze sekwencji kodującej, ale jeśli znajdują się na obszarze 3′UTR, mogą skierować taki transkrypt na ścieżkę degradacji. Poza tym mRNA może być skierowane do degradacji związanej z NMD tylko na początku translacji. Wydaje się, że spowodowane to jest zmianą białek związanych z transkryptem w wyniku pierwszego przejścia rybosomu, m. in. usunięciem z mRNA kompleksu EJC.

(more…)